保证贷款合同纠纷应当按照《担保法》及相关法律法规、司法解释处理。
(1)关于主体问题。保证贷款合同签订时应当特别注意保证人的资格问题，担保法第7条、第8条、第9条、第10条专门规定了哪些人可以作保证人，哪些人不可以作保证人。一般而言，具有社会公益性质的主体及不能独立承担民事责任的主体不得担任保证人。
(2)保证合同的签订。签订保证合同在实践中大致有下列方式：保证人与贷款人专门签订书面保证合同；保证人在借贷合同上签字或盖章表示愿意承担保证责任；保证人单独向贷款人出具书面的保证书。
(3)保证人的责任。保证可以分为一般保证和连带责任保证。
在商业银行与借款人的贷款活动中，常常有协议以新贷还旧贷的情况发生。在此活动中，保证人是否还承担保证责任呢？基于主合同主要内容变更，保证人不再承担责任的原理，以新贷偿还旧贷属于主合同变更，保证人除该变更协议知道并应当知道外，不承担民事责任，但如果旧贷的保证人又为新贷作保的话，那么保证人的责任不能免除。
在企业破产中，破产企业的债权人是包括商业银行在内的金融机构，虽然银行为了防范金融风险，一般都采用担保贷款，但在贷款保证中，商业银行知道或应当知道借款人破产后，如果不及时申报债权并告知保证人，那么保证人将在该债权破产程序中可能受偿的范围内免除保证责任，银行不能向保证人追偿，只能自己承受不良债权。
约定保证期间超过诉讼时效期间问题。目前法律并未限制保证期间的结束点，如果约定的保证期间长于诉讼时效期间，因债权人已对债务人失去胜诉权，再要求保证人承担保证责任，有悖于法理，但保证人的保证行为已经成立，不能因此完全免责，应当以约定不明处理。